早期臺灣地區的城隍廟，約有六十座，當時清朝政府規定原則上每個府縣只有一座城隍廟，當然實際情形與規定並不相符。原因除了官建的城隍廟之外，有不少都是由民間自行建立的城隍廟。而在這些城隍廟中，各有特色，而本廟則是年代最為久遠的的城隍廟。本廟創建於明永曆二十三年（西元 1669 元），今日列為國定古蹟，極具歷史、文化、建築、宗教與民俗的價值，非常值得一探究其殿堂之美。
目前台南市現有較著名的三座城隍廟分別是位於青年路的本廟(臺灣府城隍廟)，其二是安平區觀音街都城隍廟，其三是北區成功路縣城隍廟。其中本廟是全省最早興建的城隍廟，創建於明鄭時期，在臺灣的發展歷史上有期重要歷史定位。而且在經歷了清朝、日據時代、與國民政府遵台等朝代更迭，能夠保存至今實屬不易，更是我國人民重要的文物資產。
本廟主祀府城隍威靈公，緣以明代對城隍的封名；府城隍爺則主宰來世與陰間的五官超越界，是司法神，掌管現世到來世一切事務；府城隍駕前有二十四司，乃城隍爺得力部屬，各司其職，各盡所能，儼然人間行政的反映。臺灣府城隍廟開創既早，又為地方官入境必告，朔望行香，春秋二祭之廟，三百多年來，留存之古物眾多，廟內藏有乾隆年間的石棹、石爐、石燭檯、石碑，暨嘉慶年間的磁爐、铣大金鼎、柱聯、木匾等等，琳琅滿目，古意盎然；於民國七十四年十一月經內政部指定為台閩地區第二級古蹟(目前稱：國定古蹟)。
歷代修建沿革
| 年 份 | 記 載 |
| 康熙32年 (西元1693年) | 吳國柱倡修，首次改建為三開間單座式廟宇，位於郡署之右的西南方，坐北朝南。 |
| 乾隆17年 (西元1752年) | 王必昌(賜進士出身)『重修台灣縣志』擔認主纂，當時所附城池圖，已變為兩段式廟宇(西元1693~1752年)其間必有增建，惜文獻無徴。 |
| 乾隆24年 (西元1759年) | 覺羅四明與宋清源共同捐資重修，增建兩廊及戲檯於廟前。 |
| 乾隆42年 (西元1777年) | 蔣元樞就地改建，並增頭門及大士殿，成為七包四進兩廂房式的廟宇建築。 |
| 嘉慶 4年 (西元1799年) | 迭有修建。 |
| 道光 7年 (西元1827年) | 倡修補繕，道光 8年(西元1828年)竣工。 |
| 同治元年 (西元1862年) | 倡修補繕，該年三月竣工。 |
| 光緒16年 (西元1890年) | 倡修補繕，該年十月落成。 |
| 明治40年 (西元1907年) | 日據時期因拓寬馬路，從廟埕經過，致使廟地縮減。 |
| 昭和 9年 (西元1934年) | 倡議重修，經募款動工，至日昭和12年(西元1937年)夏完工，十月舉行落成慶典。 |
| 民國34年 (西元1945年) | 二次世界大戰末期遭美軍轟炸損毀，光復後重修建，於民國41年(西元1952年)完成。 |
| 民國64年 (西元1975年) | 倡修補繕，民國65年10月(西元1976年完竣)於民國66年02月(西元1977年)舉辦建醮科儀。 |
| 民國71年 (西元1982年) | 青年路拓寬工程(拓寬為十五公尺道路)，”廟埕”規模再度縮減(成畸零空地現象)，使得前殿緊臨馬路。 |
| 民國85年 (西元1983年) | 獲內政部與臺灣省政府全額補助修建。 |
| 民國102年 (西元2013年) | 獲文化部及台南市政府部份補助整修本廟全區域”白灰牆、地磚、屋脊”整復維護工程。 |
圖為石萬壽 先生所繪製 臺灣府署遺址復原圖 (1983.7)
其中清楚可見本府城隍廟即在府署之側，足見本廟於早期社會之重要地位。
本圖為當年台灣府署遺址碑落成所紀念(西元 1983 年)，猶見當時未拓寬的青年路。圖中諸位先賢，在日據時期不斷請命，本廟尚能保存至今。按耆老所言，當年日本政府已規劃好馬路(今「城隍街」)，準備貫穿城隍廟。